Fils du premier président de la République tchécoslovaque, Jan Masaryk a étudié au États-Unis au début du XXe siècle. A son retour en Bohême, il est enrôlé sur le front Est, où il se distingue. Dans la période de l'entre-deux-guerres, il est d'abord secrétaire personnel d'Edvard Beneš, puis ambassadeur de la Tchécoslovaquie à Londres.
En 1938, après avoir démissionné de ses fonctions en signe de protestation contre les l'annexion des Sudètes par le IIIe Reich, il reste dans cette ville. Pendant la guerre, il s'engage dans la gouvernement d'exil de Beneš, et pour la
promotion de la notion de sécurité collective. En 1945, il signe la Charte de l'ONU au nom de la Tchécoslovaquie, et participe aux négociations de paix.
Jan Masaryk conserve ses fonctions de ministre des affaires étrangères dans le gouvernement communiste de 1946, et il est le seul de la délégation tchécoslovaque à s'élever contre Staline en 1947. Après le coup d'État de 1948, il refuse de démissionner, et il est retrouvé mort peu de temps après, des suites d'une chute de la fenêtre de son appartement. On suppose qu'il a été assassiné sur ordre des communistes.