Niederle est considéré comme le fondateur de l’archéologie moderne en Pays tchèques. Il a tout d’abord étudié l’archéologie classique à l’Université Charles de Prague et s’est ensuite consacré à l’anthropologie et en particulier à l’ethnologie. Après ses études à l’Université Charles, il part étudier à Munich et ensuite à Paris. Il s’est beaucoup intéressé aux découvertes archéologiques slaves et a réalisé toute une série d'expéditions dans ce domaine (il étudiait l’ethnogenèse des Slaves). En 1898, il reçoit le titre de professeur à l’université Charles et devient
le représentant de « l’école universitaire » théorique. Celle-ci était en opposition avec « l’école musée » du professeur Píč, dont la mort prématurée devait mettre fin à la polémique qui opposait les deux hommes. Niederle a beaucoup fait pour populariser l’archéologie et pour sa reconnaissance en tant que branche universitaire renommée. Il a fondé l’institut national d’archéologie, dont il a été le premier directeur. Il a participé à la rédaction de nombreux périodiques spécialisés et a été l’un des premiers à lier de façon étroite l’ethnologie à l’archéologie.
