La Réforme et la Contre-Réforme
La Réforme fut une tentative de rénovation et de remise en cause interne de l'Église, basée sur des idées remontant aux XIVe et XVe siècles. La Contre-Réforme est un mouvement de réaction à la diffusion grandissante de la Réforme, qui s'efforce de rétablir l'ordre ancien avec l'appui de certaines familles régnantes et de l'Église.
La critique des activités ecclésiastiques et la question des indulgences mènent au début du XVIe siècle à la naissance d'une nouvelle vague réformatrice. Le père de la Réforme allemande est Martin Luther, en Suisse, il s'agit de Zwingli et Calvin. Dans la seconde moitié du XVIe siècle, après de nombreux combats, les églises protestante et catholique romaine se reconnaissent mutuellement, quoique leur coexistence doive encore poser de nombreux problèmes.
Dans les Pays tchèques, la Réforme prend un tournure un peu particulière, car elle s'appuie sur une très ancienne tradition réformatrice qui remonte aux Hussites et leur maître Jan Hus, au début du XVe
siècle. Le mouvement hussite avait préparé un terreau favorable au processus de la Réforme, et les Pays tchèques était depuis longtemps le « royaume des deux peuples », les catholiques et les calixtins. On peut considérer la publication de la Confession de Bohême (1575) et de la Lettre de majesté de Rodolphe (Majestät, 1609) comme des moments essentiels, qui devaient impliquer de grands changements pour la vie religieuse. Mais ce mouvement devait finalement mener à un durcissement de la situation et déboucher sur le soulèvement des nobles de Bohême, en 1618, qui déclencha de fait la Guerre de Trente ans.
La Contre-Réforme est une réaction de l'Eglise catholique romaine à la montée en puissance de la Réforme, et une tentative pour restaurer l'ordre ancien. Elle culmine au XVIIe siècle, mais se prolonge jusqu'au XVIIIe. L'ordre ecclésiastique le plus célèbre lié à la Contre-Réforme est celui des Jésuites, qui acquièrent ainsi une mauvaise réputation dans les Pays tchèques.