On considère la seconde défenestration de Prague comme l'évènement déclencheur d'une vaste guerre de religion qui allait déchirer l'Europe entière, connue sous le nom de Guerre de trente ans.
En 1617, une partie de l'aristocratie tchèque proteste contre la nomination de Ferdinand II du Saint Empire comme héritier du trône de Bohême, mais sans succès. L'Église catholique, forte d'une confiance en elle renouvelée, fait alors arrêter la construction de certaines églises protestantes sur des terres appartenant de la couronne de Bohême. Les nobles protestants jugent inacceptable le fait que l'Église applique ses décrets sur les terres du roi, mais l'Église catholique ne tient pas compte de cette opposition. A
l'issue de cette querelle, les protestants interviennent de manière radicale, considérant que l'Eglise avait enfreint la Lettre de Majesté (Majestät) de Rodolphe II, qui prônait la tolérance : ils prennent alors d'assaut la mairie de la Vieille Ville de Prague, où ils jugent les gouverneurs Vilém Slavata et Bořita de Martinice coupables et les condamnent immédiatement à mort. Les deux gouverneurs, ainsi que leur clerc, Fabricius, furent jetés par les fenêtres de la mairie, mais ils survécurent tous à cette chute de seize mètres, car le sol sous les fenêtres était inégal et jonché de détritus divers. Ils allèrent se réfugier chez la comtesse Polyxène de Lobkowicz, qui refusa de les livrer aux protestants.
