La cour de l'empereur Rodolphe II
Pendant le règne de Rodolphe II, la ville de Prague connait un nouvel essor. Bien que cette période ne soit pas comparable à l'ère de l'empereur Charles IV, il s'agit bel et bien d'une période essentielle.
Dès son accession au trône du Saint Empire, Rodolphe II, tout comme Charles IV, décide d'établir son siège à Prague. Pendant son règne, celle-ci devient une capitale culturelle, artistique et scientifique. La générosité de l'empereur permet aussi un fort développement de l'architecture baroque. Le Moulin impérial, par exemple, construit dans le parc de Stromovka, et dont la grotte et le lac artificiels sont une nouveauté en Europe à l'époque, compte parmi les bâtiment baroques les plus extraordinaires. La Galerie Rodolphe, un projet grandiose de canal reliant les quais de la Vltava au parc
de Stromovka, est également exceptionnelle.
Pendant le règne de Rodolphe II, de nombreuses personnalités d'envergure européenne dans les domaines les plus variés viennent s'installer Prague. Les plus célèbres restent les astronomes Tycho de Brahe et Johannes Kepler, le mathématicien et occultiste John Dee, ou encore le sculpteur Adrian de Vries et le peintre Arcimboldo. Toute sa vie durant, Rodolphe rassemble une collection d'œuvres d'art unique qui porte alors son nom. Elle est malheureusement détruite et pillée pendant la Guerre de trente ans. Il s'agit d'une perte immense pour l'héritage culturel tchèque.
Après la mort de Rodolphe, Prague est reléguée au rôle de ville de province avec la monarchie des Habsbourg, et elle ne retrouvera jamais une importance et une influence similaires.