Ce palais néo-Renaissance faisait autrefois partie des grands centres de la vie culturelle et mondaine de Prague.
Le palais fut construit en 1836-37, lorsque son premier propriétaire, Václav Antonín Novotný, décida de faire édifier un monument en l'honneur de l'archiduchesse Sophie (Žofie, en tchèque). Il fut construit dans le style néoclassique, et accueillait des évènements importants. Pendant l'année révolutionnaire
de 1848, il fut le siège du Congrès slave.
En 1884, l'île fut rachetée avec son palais par la commune de Prague, qui le fit rénover dans le style néo-Renaissance, tel qu'on le voit aujourd'hui. Jusqu'à la construction de la Maison municipale, le palais Žofin était le centre de la vie culturelle et mondaine de toute la ville. Aujourd'hui, des concerts, des bals et des conférences y ont encore lieu.