Jan Masaryk war der Sohn des ersten tschechoslowakischen Präsidenten. Anfang des 20. Jahrhunderts studierte er in den USA und wurde nach seiner Rückkehr im Jahr 1915 an die Ostfront einberufen, die er mit Auszeichnungen verließ. In den Zwischenkriegsjahren wirkte er zunächst als persönlicher Sekretär von Edvard Beneš und wurde 1925 Botschafter in London.
Auch nach seinem Rücktritt von dieser Funktion im Jahr 1938 blieb er nach der Okkupation des Sudetenlandes durch die Nazis in London. Während des Krieges engagierte er sich rege in Benešs Exilregierung, insbesondere bei der Umsetzung
der Idee der kollektiven Sicherheit. Im Jahr 1945 unterzeichnete er für die Tschechoslowakei die UNO-Charta und nahm an den Friedensgesprächen teil.
In seiner Funktion als Außenminister blieb er auch nach 1946 in der kommunistischen Regierung. Als einziger Vertreter der tschechoslowakischen Delegation stellte er sich 1947 gegen Stalin. Nach dem November-Umsturz 1948 lehnte er eine Resignation ab und wurde kurz darauf tot aufgefunden - gestorben durch einen Sturz aus dem Fenster seiner Wohnung. Man geht davon aus, dass er auf Anweisung der Kommunisten ermordet wurde.