Als junges Mädchen heiratete sie den mächtigen Wilhelm von Rosenberg, der zu jener Zeit aber bereits krank und unfruchtbar war. Nach seinem Tod gewann sie im Rahmen eines Erbschaftsausgleichs mit ihrem Schwager Petr Vok ein erhebliches Vermögen und unterstützte damit ihre mittellosen Verwandten in Pernštejn. Polyxena wirtschaftete dann allein in Roudnice und in Litomyšl. Nach dem Tod ihres Bruders, Jan von Pernštejn, im Jahr 1597 nahm sie dessen Kinder in Pflege. Sie wurde eine sehr angesehene Person, die unter anderem auch wegen ihrer Treue zum Katholizismus bekannt war.
Im
Jahr 1603 heiratete sie den Kanzler Lobkowitz, Oberhaupt des katholischen Adels und treuer Unterstützer der Thronkandidatur Ferdinands II. Polyxena nahm in ihrem Hause im Jahr 1618 auch Opfer des zweiten Prager Fenstersturzes auf. Sie war auch für ihre Unterstützung verschiedener Orden bekannt und kaufte nach der Konfiskation umfangreiches Vermögen des Ständeadels auf. Sie lud Jesuiten auf ihren Sitz ein, um dort den katholischen Glauben zu verbreiten. Im Jahr 1628 schenkte sie den Karmelitinnen der Kirche Maria vom Siege die kostbare Statue des berühmten Prager Jesuleins.
